分子機能解析室
当室でサポートする１）機器、２）核酸の分析、３）モデル生物を用いた遺伝子の機能解析を紹介します。
支援内容
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機器使用説明
オンデマンドでキャピラリー型DNAシーケンサーはじめとする機器*の使用法を説明します
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DNAメチル化解析
組織からのゲノムDNA抽出、バイサルファイト処理、フィギュア作成まで
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遺伝子発現解析
組織からのRNA抽出、QC、リアルタイムPCR、フィギュア作成まで
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DNA多型解析
マイクロサテライトDNAやSNPなどの多型検出からDNA融解曲線を利用したジェノタイピングまで
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ジーンノックアウト
ゲノム編集技術によりマウス**とゼブラフィッシュのジーンノックアウトをします
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ジーンノックダウン
モルフォリノオリゴによりゼブラフィッシュ初期胚での遺伝子機能阻害をします
これら実験の立ち上げを支援します。*一部の機器は使用経験がありません。**マウスのノックアウトについては実験動物管理室との協同研究となります。
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機器（共同利用実験室内）
核酸解析装置（☆：使用経験のない装置）
アプライドバイオシステムズ社 シーケンサー
ジェネティックアナライザー3130Avant
【概要】
- キャピラリー数：4
- 4色蛍光標識を用いた蛍光ジデオキシターミネーター法及び4色蛍光プライマー法により、DNAの塩基配列を決定
- 96well microplateを1枚使用し、最大96サンプルの解析が可能
- 試薬はBigDyeTerminator v1.1 Cycle Sequencing Kit、およびBigDyeTerminator v3.1 Cycle Sequencing Kit が使用可能
- GeneMapperソフトウェアによりAFLP、LOH、SNPバリデーション、SNPスクリーニング、マイクロサテライトなどの多様なフラグメント解析が可能
アプライドバイオシステムズ社 シーケンサー
ジェネティックアナライザー3500
【概要】
- キャピラリー数：8
- 4色蛍光標識を用いた蛍光ジデオキシターミネーター法及び4色蛍光プライマー法により、DNAの塩基配列を決定
- 96well microplateを2枚使用し、最大192サンプルの解析が可能
- 試薬はBigDyeTerminator v1.1 Cycle Sequencing Kit、およびBigDyeTerminator v3.1 Cycle Sequencing Kit が使用可能
- GeneMapperソフトウェアによりAFLP、LOH、SNPバリデーション、SNPスクリーニング、マイクロサテライトなどの多様なフラグメント解析が可能
アジレント社 マイクロチップ電気泳動装置
2100 バイオアナライザ
- チップの流路にDNA/RNA/タンパク質に対応したゲルを充填し、マーカーとともにサンプルを泳動することにより、それぞれの分離イメージが得られます。RNAのクオリティを示すスコアであるRIN(RNA integrity number)を求めることができます。
バイオラッド社 リアルタイムPCR装置
CFX Manager
説明書 
（PDF：8853KB）
アプライドバイオシステムズ リアルタイムPCR装置
StepOnePlus
【概要】
- 単波長励起と4色対応の蛍光フィルターを搭載
- 使用可能蛍光色素 ：FAMTM、SYBR Green、VIC、TAMRATM、ROXTM
- 反応ボリュームは10～100μLで測定
- 96Well plate（0.1mL）もしくは0.1mL tubeを使用。最大96サンプルです。
サーモフィッシャー社 超微量分光光度計
NanoDrop 2000
- 1ulの液量でDNA/RNA/タンパク質の定量ができます。
イルミナ社 次世代型シーケンサー
MiSeq
- スループット：35時間以内に6~7Gbを産出
- リード長：500bp (250bp x2)
- リード数：~3000万（ペアエンド法）
- 解析レーン数：１
Covaris社 DNA断片化装置
M220
- 高出力で安定した超音波（Ultrasonic）をサンプルに集中的に照射する独自の「Adaptive Focused Acoustics（AFA）テクノロジー」により短時間でDNAを断片化することができます。発生させる超音波は制御コンピュータが完全にコントロールしているため、処理結果は高い再現性を確保されており、処理環境の違いやオペレータの違いなどによる処理結果の違いを最小限に留めることができます。
Sage Science社 自動ゲルDNA断片抽出装置
Blue Pippin（☆）
- （使用例）次世代シーケンスのライブラリ作成 ー Covarisで剪断したゲノムDNAから適切なフラクションのフラグメントを回収
アジレント社 マイクロアレイスキャナ
SureScan マイクロアレイスキャナ（☆）
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機器（307号室）スタッフ不在時は施錠します
核酸解析装置
ロッシュ社 リアルタイムPCR装置
ライトサイクラー
- 最大32サンプルのリアルタイムPCRやDNA融解曲線を利用したジェノタイピングを行えます（専用キャピラリーを使用します）。
キアゲン社 パイロシーケンサー
パイロマーク Q48 オートプレップ
- パイロシーケンス法に基づき48サンプルまでのDNAメチル化定量を迅速に行えます（<50bp のショートレンジが望ましいです）。SNP解析にも利用できます。
バイオメトラ社 PCR装置
Tグラディエント
- アルミブロックに温度変化をつけられるため、至適アニーリング温度を探すのに便利です。最大96サンプルです。
アプライドバイオシステムズ社 PCR装置
GeneAmp 9700
アトー社 ゲル撮影装置
プリントグラフ
- ゲルのイメージをプリントできます。イメージの保存にはフロッピーディスクを使用します。UV312nm。
顕微注入装置関連
エッペンドルフ社 インジェクター フェムトジェット
カールツァイス社 実体顕微鏡 Stemi 2000
ナリシゲ社 マイクロマニピュレーター MM-3
- ゼブラフィッシュ受精卵へDNA、RNA、モルフォリノオリゴ等を顕微注入できます。
ナリシゲ社 プーラー
PN-30
- マイクロインジェクション用の針を引くことができます。
ナリシゲ社 研磨器
EG-400
DNA/RNAの分析支援
- DNA塩基配列決定
共通機器を使用した分子生物学的実験の立ち上げを支援します。以下の解析以外もご相談ください。少数のサンプルから96サンプル（プレート）単位でのサンガーシーケンス。
- DNAメチル化解析
DNAメチル化解析で必要となる、組織からの高分子量DNAの抽出、バイサルファイト処理、メチル化解析用プライマー選択、マルチクローンシーケンス、QUMA（ウェブツール）によるデータ描画、統計解析、さらに当室で開発されたフィギュア出力ソフトウェアSyGnusPlotterの利用法まで。
- 遺伝子発現解析
組織からのRNA抽出、バイオアナライザーによるRNAのクオリティチェック、逆転写反応、Syber GreenやTaqManプローブを用いたリアルタイムPCR、データの統計解析から作図まで。
- DNA多型解析
一塩基置換からマイクロサテライトリピート、構造多型の検出。ゲノム編集により導入される小さなin/delのジェノタイピングに便利なDNA融解曲線解析。
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ゲノム編集技術とアンチセンス核酸による遺伝子の機能解析
GWAS等遺伝学的解析で疾患との関連が裏付けされた遺伝子について、その機能阻害をモデル生物で行います。
- ノックアウトマウスを実験動物管理室と協同で作製します。（PDF：386KB）
- ノックアウトゼブラフィッシュを作製します。（PDF：379KB）
ノックダウン（下記）で有望な結果が得られたらノックアウトに進みます。たとえば変異体胚の表現型を抑制する、あるいは増強するような低分子化合物のスクリーニングを創薬支援研究室と協同で行えます。
- モルフォリノオリゴを利用してゼブラフィッシュ初期胚で遺伝子のノックダウンをします。（PDF：372KB）
特定の表現型（形態異常や行動異常）が見られることを期待します。研究者独自のアッセイ系で機能評価するのもアイデアです。
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研究内容
加齢にともなう遺伝子ＤＮＡの変化を伴わない遺伝子制御（エピジェネティックス）を解析しています。加齢に伴って発症する疾患との関連性を調べ、アルツハイマー病などの発症との関連性を検討しています。
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お問い合わせ先
分子機能解析室
TEL：0562-46-2311（代表）5352（内線）
shimoda(at)ncgg.go.jp (※(at)は@に変更してください）
