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メディカルゲノムセンター

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ゲノム機能解析室

当室でサポートする１）核酸の分析、２）モデル生物を用いた遺伝子の機能解析を紹介します。

支援内容

  • 機器使用説明
    オンデマンドでキャピラリー型DNAシーケンサーはじめとする機器*の使用法を説明します

  • DNAメチル化解析
    組織からのゲノムDNA抽出、バイサルファイト処理、フィギュア作成まで

  • 遺伝子発現解析
    組織からのRNA抽出、QC、リアルタイムPCR、フィギュア作成まで

  • DNA多型解析
    マイクロサテライトDNAやSNPなどの多型検出からDNA融解曲線を利用したジェノタイピングまで

  • ジーンノックアウト
    ゲノム編集技術によりマウス**とゼブラフィッシュのジーンノックアウトをします

  • ジーンノックダウン
    モルフォリノオリゴによりゼブラフィッシュ初期胚での遺伝子機能阻害をします

これら実験の立ち上げを支援します。*一部の機器は使用経験がありません。**マウスのノックアウトについては実験動物管理室との協同研究となります。

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DNA/RNAの分析支援

  • DNA塩基配列決定
    ​共通機器を使用した分子生物学的実験の立ち上げを支援します。以下の解析以外もご相談ください。少数のサンプルから96サンプル（プレート）単位でのサンガーシーケンス。
  • DNAメチル化解析
    DNAメチル化解析で必要となる、組織からの高分子量DNAの抽出、バイサルファイト処理、メチル化解析用プライマー選択、マルチクローンシーケンス、QUMA（ウェブツール）によるデータ描画、統計解析、さらに当室で開発されたフィギュア出力ソフトウエアSyGnusPlotterの利用法まで。
  • 遺伝子発現解析
    組織からのRNA抽出、バイオアナライザーによるRNAのクオリティチェック、逆転写反応、Syber GreenやTaqManプローブを用いたリアルタイムPCR、データの統計解析から作図まで。
  • DNA多型解析
    一塩基置換からマイクロサテライトリピート、構造多型の検出。ゲノム編集により導入される小さなin/delのジェノタイピングに便利なDNA融解曲線解析。

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ゲノム編集技術とアンチセンス核酸による遺伝子の機能解析

GWAS等遺伝学的解析で疾患との関連が裏付けされた遺伝子について、その機能阻害をモデル生物で行います。

  • ノックアウトマウスを実験動物管理室と協同で作製します。PDFファイル（PDF：386KB）
  • ノックアウトゼブラフィッシュを作製します。PDFファイル（PDF：379KB）
    ノックダウン（下記）で有望な結果が得られたらノックアウトに進みます。たとえば変異体胚の表現型を抑制する、あるいは増強するような低分子化合物のスクリーニングを創薬支援研究室と協同で行えます。
  • モルフォリノオリゴを利用してゼブラフィッシュ初期胚で遺伝子のノックダウンをします。PDFファイル（PDF：372KB）
    特定の表現型（形態異常や行動異常）が見られることを期待します。研究者独自のアッセイ系で機能評価するのもアイデアです。

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研究内容

MGCで見出された認知症関連バリアントの機能的意義づけをモデル動物（マウスとゼブラフィッシュ）を利用して行います。また加齢にともなう遺伝子ＤＮＡの変化を伴わない遺伝子制御（エピジェネティックス）と老化の関連を解析しています。エピジェネティクスの異常とアルツハイマー病発症との関連性もいくつかの手法を用いて検討しています。詳細は下記のリンクよりご覧ください。

診断バイオマーカーとしてのDNAメチル化（6536KB）このリンクは別ウィンドウで開きます

 

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